C형간염바이러스유전자형검사
C형간염바이러스(HCV)는 6개의 유전자형(genotype)으로 분류됩니다. HCV 유전자형은 뉴클레오타이드 수준에서 서로 31~33% 차이가 나고, 유전자아형(subgenotype) 간에는 20~25%차이가 납니다. 우리나라는 1b형(약 50%)과 2a형(약 40%)이 주종을 이루며 나머지도 1형과 2형의 다른 아형이거나 혹은 1형과 2형의 혼합감염인 경우이고, 1형과 2형이 아닌 경우는 5% 이내입니다. HCV 유전자형은 한 환자에서 감염의 진행경과 동안에는 대개 변하지 않습니다. HCV 유전자형은 항바이러스 치료반응을 예측하는 주요 인자로서 치료의 기간과 약물의 용량을 결정하므로 치료 전에 반드시 시행하게 됩니다. 그러나 C형간염의 중증도나 자연경과의 예측에는 도움이 되지 않으므로, 항바이러스 치료를 고려하지 않는 환자에서는 시행할 필요가 없습니다. 현재 검사실에서 사용하는 유전자형 동정 시약은 5’-UTR 혹은 core 혹은 NS5B 부위 염기서열을 분석합니다. 이는 검사 부위에 상관없이 일부 부위의 염기서열정보로부터 유추된 유전자형이 유전체 전체의 유전자형을 반영한다는 것을 전제하고 있으며, 따라서 재조합형은 동정할 수 없는 한계가 있습니다.
HCV 유전자형을 결정짓는 참고방법은 NS5B 부위의 염기서열을 분석한 후, 참고염기서열(reference sequence)을 이용하여 계통발생학적 분석(phylogenetic analysis)을 시행하는 것입니다. 그러나 NS5B 부위를 이용한 유전자형 검사는 증폭효율이 낮아서 많이 이용되고 있지 않으며, 대부분의 유전자형 검사에서는 HCV 유전체 중에서 염기서열이 잘 보존되어 있는 5’-UTR과 core 부위를 분석하고 있습니다. 이들 부위에서의 유전자형 검사는 NS5 부위에서의 검사결과와 유전자형 수준(genotype level)에서 95% 이상의 일치도를 보이지만, 유전자아형(subgenotype level)에서는 10~25%의 차이가 발생할 수 있습니다. 특히 교잡반응을 이용한 경우에는 1a과 1b 유전자아형을 구분하지 못하는 경우가 많습니다. 그러나 치료적인 측면에서는 유전자형 정보만을 사용하기 때문에 그러한 차이로 인한 임상적 영향은 없습니다. 과거 일부 검사실에서 제한절편질량다형성분석법(RFMP)으로 HCV 유전자형 검사를 시행하고 있었으며, 2011년 12월부터 염기서열분석법을 이용한 HCV 유전자형 검사가 보험급여 적용대상이 됨으로써, 최근에는 염기서열분석법으로 HCV 유전자형 검사를 시행하고 있습니다.
